深圳EDI许可证（即在线数据处理与交易处理业务经营许可证）的办理流程主要包括以下几个步骤：

1. 系统评测
网络安全评测：企业需对网站进行网络安全评测，确保网站的安全性和稳定性。
信息安全评测：评测网站的信息安全措施，确保用户数据的安全。
2. 材料准备
公司营业执照副本扫描件：提供公司最新的营业执照副本。
法人及股东身份证：提交法人和所有股东的身份证扫描件。
公司章程：提供最新的公司章程，需在工商局加盖档案查询章。
社保证明材料：提供至少3名员工近3个月的社保证明。
托管协议及IDC/ISP资质证书：提供服务器托管协议彩色扫描件和托管商的IDC（互联网数据中心）或ISP（互联网服务提供商）资质证书复印件。
其他材料：包括互联网域名注册证书、股东的相关证件、公司股权结构图、租赁协议或房产证明、企业商标证书等。
3. 网上审核
提交申请：将准备好的材料通过深圳市通信管理局或其授权机构的官方网站提交。
材料审查：相关部门对提交的材料进行审查，确保材料的完整性和准确性。
4. 制证和领取证书
制证：审核通过后，相关部门将制作EDI许可证。
领取证书：企业需按照指定方式领取EDI许可证，可能需要预约并携带相关证件到指定地点领取。
5. 年检与更新
年检：获得EDI许可证后，企业需每年进行年检，提交年检报告和业务年检报表。
更新：如企业信息发生变更，需及时更新相关信息，并按要求重新提交材料。
6. 特别提示
实体店转线上销售：原在实体店销售的商品转为线上销售，不属于EDI许可证的业务范畴，无需申请EDI许可证。
互联网金融业务：网络借贷、股权众筹融资等互联网金融业务需申请在线数据处理与交易处理业务许可，而其他如互联网支付、基金销售、保险等业务仅需进行网站备案。
总结
深圳EDI许可证的办理流程涉及系统评测、材料准备、网上审核、制证和领取证书、年检与更新等多个环节。企业需确保满足所有条件，准备齐全的申请材料，并按照流程完成申请。此外，对于特定业务类型，企业还需注意是否需要额外的行业预批准。