合作协议中的免责条款制定需要遵循一定的原则和方法，以确保其合法有效。

首先，免责条款的制定应基于双方充分协商且达成一致。这意味着双方需在平等、自愿的基础上，对可能涉及的免责事项进行深入讨论和交流。

在制定免责条款时，必须符合社会公共利益的要求。合同中的免责条款不能损害公民及亲友的生命健康、名誉、荣誉、财产等合法权益，也不能侵犯国家、集体或第三人的合法权益和利益，否则将被视为无效。

同时，要合理分配双方当事人之间的权益与风险。这是免责条款的关键功能之一。例如，在既有的价格、保险等机制的背景下，通过免责条款合理分配风险，决定谁在实际上投保抵御风险，影响合同标的价格。但如果免责条款限制或剥夺了另一方当事人的权益，或故意加大另一方当事人的风险，则可能被认定为无效。

另外，需要注意的是，根据《民法典》第五百零六条的规定，合同中的下列免责条款无效：（一）造成对方人身损害的；（二）因故意或者重大过失造成对方财产损失的。

例如，甲乙双方经充分协商，在平等自愿、协商一致的情况下，就共同开拓市场达成合作协议。其中约定，乙方负责办理建立分公司所需要的相关工商、税务等手续。在合作期间，分公司开展经营所涉及的开办费用、人员工资等一切经营费用以及工商税收等相关事务均由乙方承担相关的经济及法律责任，甲方无须承担任何责任。对于乙方以分公司名义所承接的一切节能改造业务，甲方均享有最终的审批决定权。

总之，制定合作协议的免责条款需要综合考虑多方面因素，确保其既符合双方的利益诉求，又不违反法律法规和社会公共利益。